I limiti delle analisi di sequenziamento globale del genoma

Scopo di questo studio pilota, svolto su 12 volontari, era valutare l’affidabilità e la riproducibilità dei risultati ottenuti dalle analisi di sequenziamento dell’intero genoma (Whole-genome sequencing, Wsg). Nello studio è stata valutata non solo la capacità di questa tecnica di individuare malattie ereditarie o dati farmacogenomici, ma anche le risorse necessarie per individuare e interpretare i dati e l’impatto che questi possono avere nella pratica clinica. I risultati dello studio hanno mostrato che il 10-19% delle malattie ereditarie non erano identificate secondo standard adeguati. Il livello di coerenza delle analisi del genotipo era alta per varianti genetiche precedentemente descritte (99-100%), mentre si riduceva al 53-59% in caso di varianti genetiche che presentavano inserzioni/delezioni. Dal punto di vista delle risorse, la valutazione della patogenicità di ogni variante genetica richiedeva in media 54 minuti, per un totale di 90-127 varianti per ogni partecipante. I risultati di queste analisi hanno portato nel 69% dei casi a una riclassificazione di varianti genetiche inizialmente identificate come patologiche. In ultimo, l’analisi dei risultati ha portato a svolgere in media 1-3 test diagnostici per ciascun partecipante. In conclusione le analisi di sequenziamento globale del genoma presentano ancora una serie di limitazioni quali ridotta capacità di individuare malattie ereditarie, scarsa riproducibilità nell’individuare varianti genetiche e incertezza circa il significato clinico dei risultati. È bene comunque sottolineare che in alcuni casi le analisi Wgs permettono di individuare varianti genetiche importanti che garantiscono un intervento medico precoce.Dewey FE, Grove ME, Pan C, et al. Clinical interpretation and implications of whole-genome sequencing. JAMA. 2014; 311:1035-1045.

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