Analisi genomiche high-throughput per identificare ceppi di C. auris multiresistenti

Un gruppo di medici statunitensi ha sviluppato e validato un nuovo metodo per l’identificazione di ceppi di C. auris multiresistenti. Il nuovo metodo, basato sull’associazione tra estrazione rapida del DNA tramite un sistema automatizzato (MagNA Pure 96) e saggio di PCR real-time Taqman, mira a superare i limiti delle analisi microbiologiche convenzionali che sono rallentate dalla lentezza e laboriosità delle tecniche standard di estrazione del DNA. La nuova tecnica di analisi genomica high-throughput è stata validata su 247 tamponi cutanei, confrontando i risultati con quelli del test colturale standard, la spettrometria di massa MALDI-TOF.
La nuova metodologia ha mostrato una capacità di identificazione di C. auris del 96,1%, con sensibilità del 93,6% e specificità del 97,2%. Il saggio si è dimostrato molto rapido, permettendo l’analisi di circa 200 campioni al giorno, e ha dato risultati altamente riproducibili, con un limite di rilevabilità pari a 1 colony forming unit (CFU) in 10 µl.
Lo sviluppo di una metodologia high-throughput rapida e affidabile è particolarmente importante per salvaguardare la salute pubblica e limitare la diffusione delle infezioni soprattutto in caso di epidemia.



Fonte: Ahmad A, Spencer JE, Lockhart SR, et al. A High-Throughput and Rapid Method for Accurate Identification of Emerging Multidrug-Resistant Candida auris. Mycoses. 2019 Feb 23. doi: 10.1111/myc.12907. [Epub ahead of print]